A Szegedi Tudományegyetem története 1581-re vezethető vissza, amikor Báthory István lengyel király, litván nagyherceg és erdélyi fejedelem academia-t alapított a jezsuiták kolozsvári kollégiumán belül. Az intézmény igen gyorsan nagy tekintélyre tett szert. Európai hírű professzorainak köszönhetően magas színvonalú oktatást biztosított és tudományos fokozatok odaítéléséről is rendelkezhetett. A kolozsvári akadémia jelentőségét növeli, hogy a XVI. század végén magyar földön egyetlen felsőfokú iskolaként működött.

A Kolozsvári Egyetem főépülete

1775-ben Mária Terézia a kolozsvári Báthory Egyetemen orvosi fakultást létesített. A királynő előbb két orvos tanárt ígért Kolozsvárra, de 1775. január 26-i rendeletével egyelőre csak bonctan, sebészet és szülészet tanítását vezette be. A második tanszéket II. József 1787-ben állította fel. I. Ferenc alatt két új tanszéket rendszeresítettek. A fakultás Orvos-sebészi Tanintézet, 1789-től Classis Chirurgica, 1808-tól Facultas Medica, 1817-től Institutum Medico-Chirurgicum lett és különvált az akkor már királyi líceumtól. Tanszékeinek száma 15-re emelkedett, 1872-ig működött önállóan.

Báró Eötvös József 1870. április 7-én a Képviselőház elé terjesztette törvényjavaslatát, az új kolozsvári egyetem létesítésére, amelynek alapjául a Báthory Egyetemből fennmaradt Jogakadémia és az Orvosi-sebészi Tanintézet kínálkozott. A Kar jogelődje tehát az 1872. XIX. és XX. törvénycikkel Kolozsvárott alapított négy fakultásos Ferencz József Tudományegyetem, amely 1921-ben (XXV. tc.) Szegedre települt. 1940-45 között Magyar Királyi Horthy Miklós Tudományegyetem, 1945-50 között Szegedi Tudományegyetem néven folytat orvosképzést, 1951-ben Szegedi Orvostudományi Egyetem néven különvált.

Az 1940-es tanévnyitón Klebelsberg Kúnó beszél

1957-ben indult be a gyógyszerészképzés önálló kari formában az orvosi fakultásból kiválva, a Fogorvostudományi Szak az Általános Orvostudományi Karon belül 1962-ben kezdi meg működését. 1985 az angol nyelvű orvosképzés beindításának időpontja, 1987 az angol-magyar orvosi szakfordító képzés, 1999 a német nyelvű – a budapesti Semmelweis Egyetem Általános Orvostudományi Karával koordinált – medikusoktatás kezdete.

Az Intézmény 1987-ben felvette Nobel-díjas biokémia professzora, orvoskari dékánja és rektora, Szent-Györgyi Albert nevét. Az orvos- és fogorvosképző fakultás 2000. január 1-től a Szegedi Tudományegyetem egyik karaként működik, s a Gyógyszerésztudományi Karral együtt alkotta a Szent-Györgyi Albert Orvos- és Gyógyszerésztudományi Centrumot.

A Kar múltját olyan nemzetközi hírű professzorai reprezentálják, mint Baló József (pathológia), Issekutz Béla, Jancsó Miklós (farmakológia), Miskolczy Dezső (neurológia), Hetényi Géza (belgyógyászat), Szent-Györgyi Albert (biokémia). A Kart és szakjait először 1996-ban, majd 2006. évben akkreditálták. Utóbbi alkalommal az Általános Orvostudományi Kar a Magyar Akkreditációs Bizottságtól „Kiválósági hely” címet kapott, amely 2011. június 30-ig érvényes.

2007. évben megszűnt a Szent-Györgyi Albert Orvos- és Gyógyszerésztudományi Centrum. A Fogorvostudományi Kar a Szegedi Tudományegyetem önálló karává vált. Létrejött a Szent-Györgyi Albert Klinikai Központ, amely a betegellátó tevékenység irányítója, a graduális és posztgraduális, a tudományos kutatás, doktori képzés tevékenységében az Általános Orvostudományi Karral együtt tölti be felsőoktatási funkcióját. 2008. évig megtörtént a szegedi betegellátó rendszer egységesítése.