genomika_kiemelt

Genomika és Géntechnológia Kutatócsoport

A kutatócsoportunk korábban elsősorban herpeszvírus kutatással foglalkozott. A kutatásnak két fő fókusza volt: megismerni a vírus genetikai szabályozásának részleteit, valamint az agykutatás számára genetikailag módosított génbeviteli vektorok és vírus-alapú idegpálya nyomjelzők kifejlesztése.


 Genomika


Néhány évig szívizomkutatással is foglalkoztunk. Az utóbbi két évben a csoportunk technológia és témaváltást hajtott végre. Egyrészt a korábbi herpeszvírus kutatást folytatjuk új technológiák alkalmazásával, másrészt más ezt a kutatást kiterjesztjük elsősorban humánpatogén vírusokra is.


Vizsgálataink egyik célja a Pacific Biosciences „long-read” szekvenálási technikával a virális transzkriptomok újraértékelése. E kutatás eredményeképpen még a legismertebb vírusok esetében is minimum megduplázódik ez eddig ismert RNS molekulák és transzkript izoformák száma.

 Genomika


A másik célunk, egy általunk javasolt elképzelés, az ún. Transzkripciós Interferencia Hálózatok (TIN) létének igazolása. A TIN egy új genetikai szabályozás szint, mely szerint a génkifejeződések a transzkripció szintjén rendszerszintű hatással vannak egymásra.


Genomika


Új projekteket is indítottunk, melyek közül a következő témákból már eredményeket is kaptunk: a depresszió és az öngyilkosság genetikájának vizsgálata, valamint a magyarságra jellemző genetikai jellegzetességek feltárása. Kutatásaink infrastrukturális hátterét részben a Stanford Egyetem biztosítja. Ezen az egyetemen két kutatócsoporttal is kiváló kapcsolatokat ápolunk. A közeljövőben az öngyilkosság epigenetikáját, valamint a fogyás és a mikrobiom kapcsolatát tervezzük vizsgálni. A Cornell Egyetemmel közösen pedig várhatóan az Alzheimer kór epigenetikájával kapcsolatos kutatásokat kezdünk el ebben az évben.


Genomika Genomika


A csoport, elsősorban annak vezetője, jelentős ismeretterjesztő tevékenységet is folytat. A csoport aktív a madárvédelemben, a kertgondozásban és a kerékpározásban. A csoport minden diplomás tagja és egy demonstrátor aktívan részt vesz az oktatásban. Az oktatásban elsősorban a korszerű tananyagra és hallgatók motivációjára helyezzük a hangsúlyt.

 

Genomika


A csoport vezetője

Prof Dr Boldogkői Zsolt


Kutató-oktatók

Dr Tombácz Dóra, Dr Szücs Attila, Petkovits Tamás, Prazsák István


PhD hallgatók

Dr Balázs Zsolt, Csabai Zsolt, Moldován Norbert


Asszisztensek:

Ábrahám Marianna, Magyarné Papdi Csilla


TDK hallgatók, szakdolgozók

Árpádffy Lovas Tamás, Barna Gábor, Domján Attila, Dörmő Ákos, Gulyás Gábor, Hajagos Árpád, Szabados Tamara


Genomika


Az utóbbi 10 év 10 legjelentősebb publikációi


  1. Tombácz D, Maróti Z, Kalmár T, Csabai Z, Balázs Z, Takahashi S, Palkovits M, Snyder M, Boldogkői Z. High-coverage Whole-Exome Sequencing Identifies Candidate Genes for Suicide Victims with Major Depressive Disorder. Nature - Scientific Reports, 2017, revízióval közlésre elfogadott

 

  1. Tombácz D, Balázs Z, Csabai Z, Moldován N, Szűcs A, Sharon D, Snyder M, Boldogkői Z. Characterization of the Dynamic Transcriptome of a Herpesvirus with Long-read Single Molecule Real-Time Sequencing. Nature - Scientific Reports, 2017 Mar 3;7:43751. doi: 10.1038/srep43751.

 

  1. Tombácz D, Zsolt Csabai Z, Oláh P, Balázs Z, Likó I, Laura Zsigmond Z, Sharon D, Snyder M, Boldogkői Z. Full-length isoform sequencing reveals novel transcripts and substantial transcriptional overlaps in a herpesvirus. PlosOne. 11(9):e0162868. doi: 10.1371/journal.pone.0162868. eCollection 2016.

  2. Tombácz D, Csabai Z, Oláh P, Havelda Z, Sharon D, Snyder M, Boldogkői Z. Characterization of novel transcripts in pseudorabies virus. Viruses. 2015 May 22;7(5):2727-44. doi: 10.3390/v7052727.

  3. Boldogkői Z. Transcriptional interference networks coordinate the expression of functionally-related genes clustered in the same genomic loci. Frontiers in Genetics, 2012, 3:122.

 

  1. Tombácz D, Tóth JS & Boldogkői Z. Effects of the deletion of the early protein 0 gene of pseudorabies virus on the overall viral gene expression. Gene, 2012, 493(2):235-242.

 

  1. Tombácz D, Tóth JS & Boldogkői Z. Deletion of the virion host shut-off gene of pseudorabies virus results in selective upregulation of the expression of early viral genes in the late stage of infection. Genomics, 2011, 98(1):15-25.

 

  1. Boldogkői Z, Bálint K, Awatramani G, Balya D, Busskamp V, Viney T, Lagali PS, Duebel J, Pásti E, Tombácz D, Tóth JS, Takács IF, Scherf BG & Roska B: Genetically timed, Activity sensor and Rainbow transsynaptic tools for the analysis of neural circuits. Nature Methods, 2009, 6(2): 127-130.

 

  1. Tombácz D, Tóth JS, Petrovszki P & Boldogkői Z. Genome-wide analysis of pseudorabies virus gene expression by Real-time Quantitative RT-PCR assay. BMC Genomics, 2009, 10(1): 491.

 

  1. Viney TJ, Bálint K, Hillier D, Siegert S, Boldogkői Z, Enquist LW, Meister M, Cepko CL & Roska B: Local retinal circuits of melanopsin-containing ganglion cells identified by transsynaptic viral tracing. Current Biology, 2007, 17(11): 981-988.

 

nature_methods

Címlapfotós publikációnk a Nature Methods-ban,

impakt faktor (2015): 32,072.

 

Ismeretterjesztő tevékenység

 

A 6 legnagyobb hatású cikk:

  1. Homeopátia - a nagy átverés
  1. Létezik-e szabad akarat?
  1. Az akupunktúra nem működik
  1. A nagy étrendblöff, Index
  1. Az oltásellenesség hazugságai
  1. A táplálkozás és az egészség téveszméi

 

A legnagyobb hatású televíziós vita:

Alternatív gyógyászat csak kamu? - vita, ATV

 

 

Egy nagy hatású rádióriport:

A GMO-król, riport Klubrádió

 

Fotók: Dr. Kassai Miklós





Kövess minket



YouTubeLinked inGoogle PlusTwitter


Hírek

doktoravato

A Szegedi Tudományegyetem Doktori Tanácsa az Általános Orvostudományi Karon 30 doktori fokozatot és 5 habilitációs oklevelet adományozott. Gratulálunk!